Extrazellulärer Müll ist etwas anderes als extrazelluläre Kreuzreaktionsprodukte. Es steht für Aggregate von Zeug, das keinerlei Funktion hat (auch keine biophysikalische). Solche Aggregate hätten idealerweise abgebaut werden sollen, zeigten sich aber abbauresistent. Es gibt zwei hauptsächliche Vertreter extrazellulären Mülls. Der eine ist der nichtzelluläre, fettige Kern von atherosclerotischen Plaques, aber der zählt eigentlich nicht. Es gibt nämlich Makrophagen, die ständig daherkommen und Stückchen von diesen Kernen abknabbern. Das Problem ist nur, dass sie sie nicht verdauen können, nachdem sie sie gefressen haben. Irgendwann sterben sie dann und werden selbst zu einem Teil des Problems. Diese Sache könnte also komplett unter Kontrolle gebracht werden, wenn wir die intrazelluläre Verdauungsmaschinerie effektiver machen könnten, so wie ich es hier erkläre. Das zweite grosse Problem des extrazellulären Mülls heisst Amyloid. Das Amyloid bildet große kugelförmige Gebilde oder Plaques in den Gehirnen von Alzheimers Patienten. Das gleiche passiert (langsamer) in jedermann's Gehirn. Wir wissen eigentlich noch nicht genau, ob das Amyloid für den Gedächnisverlust der Patienten verantwortlich ist, aber wir können ziemlich sicher sein, dass diese Plaques nicht ausgesprochen gesund sind. (Einige Forscher glauben allerdings, dass die individuellen Proteinmoleküle eine gesunde Funktion haben, bevor sie zu Plaques aggregieren.) Wir sind also auf der sicheren Seite, wenn wir die Dinger loswerden. Das gleiche gilt für eine ganze Menge ähnlicher Aggregate, die sich beim Altern und während altersbedingter Krankheiten in anderen Geweben bilden. Das bekannteste ist das Inselzellamyloid beim Typ II Diabetes.

Eine Strategie, um die Anhäufung von solchen Materialien ins unbestimmte zu verschieben wird von Elan Pharmaceuticals entwickelt. Es geht um eine Impfung, die das Immunsystem (Die Mikroglia, um genau zu sein) stimulieren soll, das Material aufzunehmen. Einmal aufgenommen mag es sich dem Abbau widersetzen. Wenn das überhaupt so ist, kann es mittels des Ansatzes zum Abbau intrazellulärer Aggregate, der hier beschrieben ist, trotzdem abgebaut werden. Die frühen klinischen Studien der Elan-Impfung mussten wegen Nebenwirkungen verfrüht abgebrochen werden, aber ein besserer Impfstoff ist in Arbeit.

Eine andere Strategie verwendet kleine Moleküle, um die Plaques aufzulösen. Die Oberfläche eines Plaques kann scheinbar durch kleine Peptide unterbrochen werden, die sich einen Weg in das Innere bahnen, und dabei den Plaque destabiliseren, so dass ganze Proteinmoleküle von seiner Oberfläche abgelöst werden. Diese kleinen Peptide nennt man beta-breaker.